Dalam menjalankan fungsinya, BEM FK-KMK memiliki beberapa instrumen lembaga yang terdiri dari 10 kementrian dan 3 biro yang memiliki fokus masing-masing. Beberapa fungsi khusus yang dijalankan BEM FK-KMK diantaranya terdapat pembentukan lingkungan yang nyaman bagi setiap individu di FK-KMK untuk berkembang, memenuhi aspirasi KMFK-KMK, dan aktif dalam menyikapi berbagai permasalahan di masyarakat bersama dengan penyebaran nilai-nilai luhur ke-UGM-an.